Det er centralt i afdelingens arbejde at overvåge bevarelsen og beskyttelsen af vores naturressourcer og fredede områder. Dette gøres i forbindelse med regionale-, kommunale- og lokalplanlægningsprocesser.

Desuden kan afdelingen benytte sig af sine klagerettigheder i forbindelse med kommunale dispensationer, når lovmæssige beskyttelseslinier eller fredede områder krænkes på en urimelig måde.